Analisis in silico de la expresion diferencial de genes en respuesta a inclinacion en Pinus radiata D. DON: pipeline de anotacion por gene onotology.

Abstract

Dentro del sector silvícola de Chile una de las especies mas explotadas para elaboración de madera procesada es pino radiata (Pinus radiata D.DON)representando un 10% de los productos exportados por el país en el año 2009. La perdida de verticalidad del tronco es uno de los defectos de crecimiento que afecta a el viento, nieve y pendientes, generando un desplazamiento del vector de bajando considerablemente su precio de venta. En este contexto, el estudio del fenómeno utilizando la genómica funcional fueron obtenidas un conjunto de secuencias expresadas en distintas librerías de EST’s provenientes de distintos tejidos y tiempos post perdida de verticalidad de plantulas de pino. En este estudio se realizó el análisis de secuencias de EST’s de bibliotecas sustractivas supresivas (SSH) de Pinus radiata D. DON las cuales fueron extraídas de tallos de plántulas de un año de edad sometidas a 45º de inclinación a las 2 ½ h, 10 h,24 h y 1 mes después de la inclinación tanto del lado superior como el inferior de esta. Dichos análisis bioinformáticos comprenden pasos dedescontaminación, análisis de significancia y ensamble de EST`s, seguido de descontaminación, análisis de significancia y ensamble de EST`s, seguido de asignación de función de las secuencias encontradas y clasificación ontológica según procesos biológicos, funciones moleculares y componentes celulares para cada uno de las 8 librerías analizadas, encontrando diferencias sustanciales en la expresión génica entre tallo superior e inferior y la evolución del fenómeno a medida que avanza el tiempo. Dentro de la percepción del estímulo de gravedad se presenta el rol de Ca2+ como posible señal temprana de la percepción del estímulo gravitacional estableciendo una posible ruta de señalización hacia la activación de la vía transducción de señales de proteínas kinasas del tipo MAP3K, comparable con la reacción de otros vegetales hacia el mismo estímulo.